甲硝唑内服吸收快，经1-2小时达到血药浓度，分布全身组织，可透过血脑屏障，在发炎部位快速达到有效浓度，加速疾病的痊愈，兽用常拌料给药。
甲硝唑对厌氧菌作用显著，如梭形杆菌属、梭状芽胞杆菌属（破伤风杆菌）、部分真杆菌、消化链球菌等。可用于治疗各系统厌氧菌所致的感染性疾病，如腹腔、消化道、下呼吸道、皮肤及软组织、骨和关节等部位的厌氧菌感染，对败血症、心内膜炎、脑膜感染以及使用抗生素引起的结肠炎也有效。甲硝唑与喹诺酮类药物连用有增效作用。